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정부 세제개편안 국무회의 의결, '비거주 1주택' 종부세 공제 12억 유지·ISA 축소안도 철회

권석천 기자 bamco@businesspost.co.kr 2026-09-01 16:52:24
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[비즈니스포스트] 정부가 비거주 1주택자의 종합부동산세 기본공제를 현행 12억 원으로 유지하고 개인종합자산관리계좌(ISA)의 납입한도 이월과 사실상 무기한 계약도 존치하기로 했다.

지난달 3일 세제개편안 발표 당시 비거주 1주택자의 공제를 9억 원으로 줄이고 ISA의 계약기간과 납입 방식을 제한하기로 했지만 논란이 이어졌고 결국 관련 내용을 완화한 것이다. 
 
정부 세제개편안 국무회의 의결, '비거주 1주택' 종부세 공제 12억 유지·ISA 축소안도 철회
▲ 이재명 대통령이 1일 청와대에서 열린 국무회의에서 발언하고 있다. <연합뉴스>

정부는 1일 이재명 대통령 주재 국무회의에서 종합부동산세법과 소득세법, 조세특례제한법 등 11개 세법 개정법률안을 심의·의결하고 2026년 세제개편안 정부안을 확정했다. 

가장 큰 수정은 비거주 1주택자에 대한 종부세 부담이다.

정부는 비거주 1세대 1주택자의 기본공제를 현행 12억 원에서 9억 원으로 낮추려던 계획을 철회하고 12억 원을 유지하기로 했다. 실거주 1세대 1주택자의 기본공제를 현행 12억 원에서 14억 원으로 높이는 방안은 그대로 추진한다. 

비거주 부부 공동명의 1주택자에 대해서는 현재 1인당 9억 원인 기본공제를 당초 각각 4억 원으로 낮추려 했으나 최종안에서는 각각 6억 원으로 조정했다. 이에 따라 비거주 1주택자는 단독명의와 부부 공동명의 모두 합계 12억 원을 공제받는다. 

거주 부부 공동명의 1주택자는 현행과 마찬가지로 각각 9억 원씩 모두 18억 원을 공제받는다. 

종부세 부담 상한도 직전 연도 재산세와 종부세 합계액의 150%에서 200%로 높이려던 계획을 철회하고 현행 150%를 유지한다. 

ISA 축소 방안도 사실상 원점으로 돌아갔다.

정부는 기존 ISA의 계약기간을 최초 3년을 포함해 최대 5년으로 제한하고 연간 2천만 원의 미사용 납입한도를 다음 연도로 넘기지 못하도록 하려던 계획을 철회했다. 

최종안에서는 최소 계약기간 3년만 두고 최대 계약기간은 제한하지 않으며 미사용 납입한도 이월과 일몰기한이 없는 현행 제도를 유지한다. 

새로 도입하는 생산적금융 ISA도 연간 납입한도 2천만 원과 총한도 2억 원은 유지하되 최대 계약기간 10년 제한을 없애기로 했다. 사용하지 않은 연간 납입한도는 다음 연도로 이월할 수 있고 2029년 말로 설정했던 일몰기한도 삭제한다.

일정 소득 이하 청년에게 납입금의 10%를 소득공제하는 청년형 생산적금융 ISA는 청년미래적금과 중복 가입할 수 있도록 수정됐다. 

아울러 정부는 최대주주가 상속·증여를 앞두고 주가를 낮게 유지하는 이른바 ‘주가 누르기’를 막기 위한 상장주식 평가방법 개선안도 당정 논의와 의견 수렴을 거쳐 정기국회 심사 과정에서 합리적 방안을 마련하기로 했다.

정부는 이날 의결한 11개 세법 개정안을 3일까지 국회에 제출할 계획이다. 

정부안이 국회 심사를 거쳐야 하는 데다 민주당도 국민 부담과 주택시장에 미칠 영향을 살펴 필요한 사항을 보완하겠다고 밝힌 만큼 종부세 개편안을 중심으로 추가 조정이 이뤄질 가능성이 남아 있다.

더불어민주당 정책위원회는 이날 공보실을 통해 “민주당은 정부 세제 개편안의 실거주 우대 취지에 기본적으로 동의한다”면서도 “다만, 국민께서 체감하는 1주택자 간 과세 형평성과 세 부담의 예측 가능성 또한 강하게 고려되어야 한다”고 밝혔다. 

당 정책위는 이어 “이에 당은 1주택자 종부세 기본공제에 거주 여부에 따른 차등을 두지 않는 방안을 포함하여, 세 부담 우려가 과도하게 확산하지 않도록 하는 여러 보완 의견을 꾸준히 제기해 왔다”며 “앞으로도 국회 논의 과정에서 정부안이 국민 부담과 주택시장에 미칠 영향을 면밀히 살피고, 필요한 사항을 보완해 나가겠다”고 덧붙였다. 권석천 기자

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